توانمندسازی استارت آپ‌ها و واحدهای فناوری ابزار مهمی برای توسعه کسب و کار آنها در حوزه فناوری و نوآوری کشور است. برگزاری دوره‌های آموزشی هدفمند، حمایت از مراکز نوآوری و شتابدهنده‌های تخصصی، برگزاری کارگاه‌های مهارتی از مهمترین اقدامات صندوق در حوزه خدمات توانمند‌سازی میباشد.